In de 3e eeuw na Christus was het een Romeinse militaire site die bekend stond als Lapurdum. In 840 veroverden Vikingen het gebied omdat ze een haven nodig hadden die hen toegang zou geven tot de Atlantische en Middellandse Zee.
In de 12e eeuw was Bayonne een belangrijke haven geworden. Bayonne maakte deel uit van Aquitaine en werd geregeerd door de Engelsen. In de 17e eeuw werden in en om de stad grote vestingwerken gebouwd.
De stad wordt door de rivier de Nive verdeeld in Grand Bayonne en Petit Bayonne. Er zijn vijf aantrekkelijke bruggen die de twee helften met elkaar verbinden. De rivieroever bruist van de restaurants, pleinen en een overdekte markt. De huizen aan de kade zijn vakwerk en hebben luiken in de kleuren van de Baskische vlag.
Grand Bayonne heeft kleine smalle voetgangersstraatjes met winkels. Het is de site van de gotische kathedraal Sainte-Marie. De kathedraal werd gebouwd in de 12e en 13e eeuw, met torens uit de 16e en 19e eeuw. Dicht bij de kathedraal staat het Chateau-Vieux dat dateert uit de 12e eeuw.
Petit Bayonne is een levendig gebied vol Baskische bars en restaurants. Er zijn ook twee belangrijke musea in dit gebied. Het Musee Basque heeft exposities over de Baskische geschiedenis en over de manier van leven en het Musee Bonnat is een van de beste kunstgalerijen in Zuidwest-Frankrijk.
Stierenvechten is een belangrijke traditie in het gebied en er is een arena buiten de stadsmuren. Stierengevechten vormen een groot deel van de vijfdaagse Fetes de Bayonne in augustus en trekken veel bezoekers.
Bayonne staat bekend om zijn lokale producten, waaronder Bayonne ham, Izarra een felgroene of gele likeur, lokaal gedistilleerd en fijne chocolaatjes, die al vijfhonderd jaar in de stad worden geproduceerd.
